"Pequim" significa "Capital do Norte" mantendo a tradição da Ásia Oriental de se chamar as capitais como tal em seus nomes — assim como Tóquio no Japão e Pyongyang na Coreia do Norte querem dizer "Capital do Leste" e "Capital do Oeste" respectivamente. Outras cidades que receberam nomes similares foram Nanquim ("capital do sul") e Đông Kinh, atual Hanói, no Vietnã ("capital do leste"), Quioto, no Japão, e Gyeongseong (京城, atual Seul), na Coreia do Sul (ambas significando simplesmente "capital"). Peking é o nome da cidade de acordo com a Romanização do Sistema Postal Chinês; a grafia se originou com os missionários franceses há cerca de 400 anos, e corresponde a uma pronúncia mais antiga, que antecede uma mudança sonora subsequente ocorrida no mandarim, na qual o [kʲ] passou a [tɕ][10] (o [tɕ] é representado no pinyin como j, como em Beijing). A pronúncia "Peking" também está mais próxima dos dialetos fujianeses de amoy e min nan, falandos na cidade de Xiamen, uma das cidades onde comerciantes europeus primeiro aportaram, no século XVI, enquanto "Beijing" se aproxima mais da pronúncia do nome da cidade no mandarim.

A cidade recebeu diversos nomes ao longo da história. Durante a Dinastia Jin era conhecida como Zhongdu (中都), e posteriormente, durante o período da dinastia mongol Yuan, como Dadu (大都) em chinês  e Daidu em mongol, (também registrada como Cambuluc por Marco Polo). Por duas vezes em sua história seu nome foi mudado de Beijing/Peking para Beiping (ou Peiping; em chinês: 北平 pinyin: Beiping; Wade-Giles: Pei-p'ing), literalmente "Paz do Norte". Isto ocorreu pela primeira vez no reinado do Imperador Hongwu, da Dinastia Ming, e em 1928, durante o governo Kuomintang (KMT) da República da China. Em cada uma destas ocasiões, a mudança envolvia a retirada do elemento do nome que significa "capital" (jing ou king, 京) para indicar o fato de que a capital nacional havia sido mudada para Nanquim (Nanjing), na província de Jiangsu. Os nomes foram restaurados posteriormente ao formato anterior, Beijing/Peking; primeiro com o Imperador Yongle, na Dinastia Ming, que voltou a transferir a capital para lá, e em 1949, quando o Partido Comunista da China fez o mesmo, após a fundação da República Popular da China.

Yanjing (燕京; pinyin: Yānjīng; Wade-Giles: Yen-ching) é outro nome popular informal em uso para a cidade, referindo-se ao antigo Estado de Yan, que existiu no local durante a Dinastia Zhou. O nome pode ser visto em diversas instituições e produtos locais, como a marca de cerveja local, Yanjing Beer, bem como a Universidade de Yenching, uma instituição de ensino superior que acabou por se fundir com a Universidade de Pequim.