Segundo a versão oficial, o nome do local deriva da deusa adorada no templo de Mumbadevi, um dos mais antigos da ilha de Bombaim construído pela população nativa, encontrado pelos portugueses à sua chegada, que o deixaram intacto.

Acredita-se que a primeira referência europeia à ilha de Bombaim foi feita por Duarte Barbosa em 1516, designando-a Benamajambu;  Alguns autores pretendem que majambu poderá ser uma alusão a Mumbadevi. No entanto, enquanto que Bena refere-se provavelmente a Tana, majambu parece referir-se somente à ilha vizinha de Mahim, ambos os locais atualmente subúrbios de Bombaim. O primeiro autor português a se referir ao local como Bombaim foi Gaspar Correia, que chegou à Índia em 1512, nas suas “Lendas da Índia”, cuja escrita começou por essa altura, sendo secretário de Afonso de Albuquerque. Naquele mesmo século, a grafia parece haver evoluído para Mombayn (1525) e depois Mombaim (1563).

José Pedro Machado refuta uma explicação alternativa para o nome, sem bases científicas, segundo a qual Bombaim seria uma corruptela do português "Bom Bahia" (sic) ou "Boa Bahia". Esta confusão teria levado ingleses pouco sabedores de português a suporem a presença dessa palavra no topónimo, pelo que o português Bombaim teria se transformado no inglês Bombay.

Em 1995, o nome da cidade foi alterado pelo partido Shiv Shena, de cariz chauvinista marata e hindu, para o seu equivalente marata, transcrito como Mumbai, imediatamente após a sua subida ao poder no estado de Maharashtra. Não obstante, a forma Bombay continuou largamente em uso entre a população indiana, incluindo os realizadores cinematográficos de Bollywood. A mudança do nome estimulou um debate em torno do chauvinismo nacionalista que teria motivado a decisão e sobre a própria identidade da cidade. Por outro lado, foram registadas represálias contra quem se recusou a adoptar a nova designação